L'anatomia patologica è quella disciplina della medicina che studia le malattie umane mediante l’esame macroscopico (a occhio nudo) degli organi e, successivamente, con il microscopico i tessuti e le cellule che li costituiscono. L’aspetto microscopico è storicamente necessariamente successivo in quanto collegato all’invenzione del microscopio.
Suo fondatore è generalmente considerato, in età moderna, il medico forlivese Giovan Battista Morgagni (1682–1771) anche se, come già detto, ci furono esperienze precedenti che restarono, tuttavia, individuali e sporadiche.
“Sua Maestà anatomica”, come ossequiosamente sarà soprannominato a Padova Morgagni, fu all’inizio allievo a Bologna di Antonio Maria Valsalva (1666-1723) a sua volta allievo di Marcello Malpighi (1628-1694).
Come detto precedentemente, sia Malpighi che Valsalva solevano annotare le lesioni anatomiche alla dissezione del cadavere, pur senza carattere metodologico. Tale pratica dovette influenzare, e non poco, il giovane Giovan Battista Morgagni. 
Giovan Battista Morgagni nella maturità insegna nell’Università di Padova e quivi, nella scia dei suoi maestri, elabora con metodo la monumentale opera “De sedibus et causis morborum per anatomen indagatis” (1761). Rudolf Virchow lo definisce il "Padre della Patologia moderna".
Con Morgagni ed il suo De Sedibus, nello scenario illuministico, tramonta la medicina basata sull’ “umoralismo”, e compare, con la dissezione - il riscontro diagnostico- (per anatomen indagatis) una scienza che cerca negli organi le sedi e le cause delle malattie (De sedibus et causis morborum).
In quei tempi la filosofia classica influenzava, anche oltre il dovuto, tutte le scienze e Morgagni elaborò il suo pensiero sul principio su cui poggiano i dialoghi platonici: c’è la tesi (l’autopsia: vedere con i propri occhi), l’antitesi (la sintomatologia e la diagnosi clinica), la sintesi (l’epicrisi: il giudizio conclusivo).
Nasceva una disciplina senza eguali che si fondava sulla conoscenza, sul ragionamento e sulla concatenazione.
Fu una novità senza eguali che pose le basi della medicina moderna, un vento impetuoso che spazzò via maghi, streghe, untori e guaritori, novità oggi in declino, e anche per il suo declino quelle figure riaffiorano e neppure tanto timidamente.
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